En respuesta a la preocupación de que la serie se estuviera alejando de sus orígenes, Eastman y Laird publicaron un editorial en el cómic en 1989, en el que escribían: "Hemos dado rienda suelta a la locura y la disfrutamos mucho. Sin embargo, hemos mantenido los originales muy nuestros". Eastman dijo más tarde que había "algunas cosas a las que desearíamos no haber dicho que sí", y Laird escribió sobre su disgusto por el tono más suave de la serie animada.
A principios de la década de 1990 se produjo el apogeo comercial de la franquicia. En 1990 se estrenó la primera película de las Tortugas, con trajes diseñados por
Jim Henson's Creature Shop. Se basaba más en el cómic que en la serie de animación, con un tono más oscuro. Fue la cuarta película más taquillera de 1990 y la película independiente más taquillera del momento, con más de 200 millones de dólares en todo el mundo.
Al año siguiente se estrenó una secuela, El secreto del exudado. Con una producción apresurada y un tono más ligero, recibió críticas más flojas y tuvo menos éxito en taquilla. Teenage Mutant Ninja Turtles III (1993) iba dirigida al mercado japonés, el mayor mercado extranjero para las películas estadounidenses en aquella época, pero no se estrenó allí y sus críticas y ventas fueron más flojas.
En 1990, el musical
Coming Out of Their Shells, con las Tortugas como banda de rock, se representó en 40 funciones por todo Estados Unidos. El musical fue patrocinado por Pizza Hut y promocionado con una aparición en The Oprah Winfrey Show. Se publicaron un álbum con la banda sonora y un VHS.
Tras el final de la serie de animación, se creó una serie de televisión de acción real, Ninja Turtles: La próxima mutación, fue creada en 1997 con
Saban Entertainment. En ella aparecía una quinta tortuga hembra,
Venus de Milo. La serie se canceló tras una temporada; Laird dijo más tarde que era el único proyecto de Tortugas con licencia del que "se arrepiente de verdad"
2000s-presente: Venta a Nickelodeon y nuevas series:
Eastman vendió su parte de la franquicia de las Tortugas a Laird en 2000. En 2003,
4Kids Entertainment lanzó una nueva serie animada de las Tortugas, que duró siete temporadas y concluyó en 2009. Laird participó en la producción, creando una adaptación más cercana al cómic original. En 2007 se estrenó una película de animación por ordenador de las Tortugas, TMNT, que recaudó 95 millones de dólares en taquilla.
El 21 de octubre de 2009, se anunció que Laird había vendido la franquicia a
Viacom. Dijo que se había cansado de trabajar en las Tortugas, escribiendo: "Ya no soy ese tipo que lleva consigo su cuaderno de bocetos y dibuja en él cada vez que puede". En agosto de 2011,
IDW Publishing lanzó una nueva serie de cómics de las Tortugas, con Eastman como coguionista e ilustrador. Una tercera serie de animación se estrenó en septiembre de 2012 en
Nickelodeon, y duró cinco temporadas antes de terminar en 2017.
Una cuarta película de acción real de las Tortugas, producida por
Platinum Dunes, Nickelodeon Movies y
Paramount Pictures, dirigida por Jonathan Liebesman y producida por
Michael Bay, se estrenó el 8 de agosto de 2014. Recibió críticas negativas, pero fue un éxito de taquilla. Una secuela, Out of the Shadows, dirigida por
Dave Green, se estrenó en junio de 2016.
Una cuarta serie de animación, Rise of the Teenage Mutant Ninja Turtles, se estrenó en 2018 y duró dos temporadas. Una secuela cinematográfica de la serie se estrenó en 2022 en el servicio de streaming Netflix. En 2021, Deadline Hollywood informó de que se estaba desarrollando un reboot de acción real producido por Bay. Mutant Mayhem, una película de animación producida por
Seth Rogen, tiene previsto su estreno en cines en agosto de 2023.